1993-ban Anna Paquin Oscar-díjat kapott lenyűgöző alakításáért a Jane Campion által rendezett, érzelmeket nem nélkülöző filmért, a Zongoraleckéért, amelyben egy ingerlékeny néma nő (Holly Hunter), vadul artikuláló lányát alakítja, ki egyben anyja „hangja” is. Anna akkor még csak 11 éves volt, és ezzel Ő lett a 2. legfiatalabb színész, aki Oscar-díjat nyert. Könnyen zavarba jött mikor hírnevéről vagy sikereiről beszélt, Oscar-díját is egy szekrény hátuljában tartotta, hogy ne érezzék magukat kényelmetlenül családtagjai és nem a színészettel foglalkozó barátai.

 

Anna bebizonyította, hogy kiemelkedő debütálása nem csak véletlen volt, amikor 1996-ban eljátszotta a fiatal Jane szerepét (a felnőtt Jane-t Charlotte Gainsbourg játszotta) Franco Zeffirelli adaptációjában, a Charlotte Bronte regényén alapuló Jane Eyre-ben.

Szintén 1996-ban, következett legnagyobb szerepe az Oscar elnyerése óta, a Repülj Velem! című filmben, amelyben egy olyan kislányt alakít, akinek rég nem látott apjához kell költöznie, és akire ott, hirtelen egy pár elárvult liba vár, akiket meg kell tanítania repülni.

A színésznő, aki soha nem részesült színészi képzésben Steven Spielberg, 1997-es Amistad című filmjében folytatta pályáját, ahol is a fiatal spanyol királynőt, Isabellát játssza.

 

1998-ban, Anna a Zűrzavar című hollywoodi szatírában játszotta el Donna szerepét, Sean Penn és Kevin Spacey mellett, majd a rá következő évben Anna az 1960-as években játszódó Séta a Holdon című filmben szerepelt, mint Diane Lane és Liev Schreiber lázadó hippi lánya. Szintén ugyanebben az évben, kisebb szerepet kapott az, A csaj nem jár egyedül című romantikus vígjátékban, amelyben a főszereplő, Freddie Prinze Jr. húgát alakítja.

 

Hogy még véletlenül se ragadjon bele a tini-filmek világába, 2000-ben szerepet vállalt a mozivászonra készült világhírű Marvel Comic’s képregényfilmben, az X-Men-ben, ahol is Vadócot játssza, aki egy olyan lány kinek élete rémisztő fordulatot vesz, és olyan mutánssá alakul, aki ha hozzáér valakihez, kiszívja életerejét. Még ugyanebben az évben, Anna a Majdnem Híres című filmben is szerepelt, amiben egy érzelmes gruppit játszik, aki szerelmes lesz az 1970-es évekbeli rockerbe, akit Jason Lee alakít. Anna ezek után a Fedezd fel Forrestert! című filmben játszott Sir Sean Connery és F. Murray Abraham mellett.

 

2002-ben beválogatták Spike Lee bűnügyi drámájába, Az utolsó éjjel című filmbe, ahol Edward Norton mellett brillírozott, majd az ezt követő 2003-mas évben újra magára öltötte Vadóc szerepét, az X-Men 2. részében, ahol is felülmúlta az előző filmben nyújtott alakítását. Paquin következő filmes szereplése a Buhersereg című katonai szatírában volt, amelyben olyan színészekkel játszott együtt, mint Joaquin Phoenix és Scott Glenn, azonban a film bemutatóját elhalasztották a szeptember 11-i terrortámadás miatt, majd amikor végül a mozikba érkezett, fájdalmas halált halt a pénztáraknál. Eközben, még 2001-ben leforgatta a Darkness, a rettegés háza című horrorfilmet, amelyet azonban csak 2004 decemberébn mutattak be, kevés sikerrel.